瑞穗溫泉區、紅葉溫泉區與安通溫泉區是花蓮地區早期的三大溫泉區，其中瑞穗溫泉區與紅葉溫泉區都必需由瑞穗鄉進出，因此外地人常誤以為這兩處溫泉都屬於瑞穗鄉。但從行政區域劃分上來看，這兩處溫泉其實分屬瑞穗鄉與萬榮鄉。較接近瑞穗市區的瑞穗溫泉又名「外溫泉」，較靠近山區的紅葉溫泉則被稱做「內溫泉」。


瑞穗溫泉早在民國8年就已被日本人開發，當時的名稱叫做「滴翠閣」，是一處附設「公共澡堂」的日式旅館。傳統日式造型的木造建築，四週林木茂盛，環境清幽，是當年數一數二的高級度假旅館。瑞穗溫泉的泉溫約48度，泉質屬於弱鹼性的「氯化物碳酸鹽泉」，而且泉水中富含鐵、鋇等礦物質，這些泉水中的鐵質遇到空氣氧化後，會在水面形成一層略帶鐵鏽味的黃濁色結晶物，稱為「湯花」或「溫泉花」。許多初次看到這種泉水的遊客們，會誤以為是泉水不乾淨，其實這種泉水對於皮膚病或關節炎均具療效。而且據醫學研究，常泡這種弱鹼性溫泉的夫妻，生男孩的機會很高，因此瑞穗溫泉又有「生男之泉」的美名。


紅葉溫泉的泉溫約60~70度，泉質為弱鹼性的「碳酸氫鈉泉」，水質清澈無味，可飲可浴。紅葉溫泉同樣也在日治時期就已聲名遠播，日本人在此設有警察療養所，光復後改為私人經營的紅葉溫泉旅社。時至今日，旅社的外觀仍維持著傳統的日式風格，連房間都還是舖著榻榻米的日式通舖，整個旅社洋溢著濃濃的懷舊風情。藍天綠樹配著紅色的屋簷，讓人彷彿踏入時光隧道回到古早的年代。


幾年前，瑞穗居民在離瑞穗溫泉不遠處試著開挖溫泉，沒想到竟然成功挖出與瑞穗溫泉同樣泉質的溫泉，於是在瑞穗鄉內興建了一座「瑞雄溫泉山莊」。不多久，瑞雄溫泉山莊的對面也有人鑿井開挖，結果竟湧出了跟紅葉溫泉相同泉質的溫泉。這兩口溫泉井的成功讓瑞穗鄉興起了一片溫泉熱，因此目前在瑞穗鄉內，陸續開張了好幾間溫泉民宿、旅館，吸引了更多的遊客前來此地泡湯。